华盛顿——科研人员建立了一个新的公共数据库，将极大地增加科学家用于追踪食源性疾病病因的数据总量。该数据库的目标是对食品中发现的10万种细菌进行遗传密码编目。
这个免费数据库是由加州大学戴维斯分校(University of California, Davis)建立的。它不仅能帮科学家确定导致疫情爆发的细菌是哪种食品携带的，如寿司里的金枪鱼刺身，而且还能确定来自哪个国家。通常，对疫情爆发作出反应需要几周时间，而这套新数据库有望把时间缩减到几天。
上周四公布该数据库计划的美国食品和药品管理局（Food and Drug Administration，简称F.D.A）官员史蒂文·M·马瑟(Steven M. Musser)说，“从科学的角度看，这套数据库的建立实在是件了不起的事。”
基因测序是一种新做法。到目前为止，科学家已经识别出多达3000个基因序列，其中只有约1000个序列和食品有关。
马瑟是F.D.A.下属的食品安全与应用营养中心(Center for Food Safety and Applied Nutrition)监管科学办公室主任。他说，疾病预防与控制中心(Centers for Disease Control and Prevention)拥有规模最大的此类数据库，不过该数据库包含的基因图谱并不完整，不足以用来断定疾病是哪种食品引起的，也不能断定疾病的地理源头。
为遗传密码编目相当费时。仅沙门氏菌就含有2700种不同的菌株，数量几乎是今天所有已编目的食源性细菌的基因序列的三倍。马瑟说，他的实验室在过去三年里仅完成了500个序列的编目。他的实验室已将这些已编目的基因序列提供给了该数据库项目，这些序列都与沙门氏菌有关。
负责该数据库的加州大学戴维斯分校微生物学教授巴特·C·韦默(Bart C. Weimer)说，数据库中会包括疾控中心和生物科技公司安捷伦科技(Agilent Technologies)作出的贡献，该项目计划在五年内完成10万种细菌的基因测序，将成为世界上最大的一个基因组项目。
他说，近些年，进行类似基因测序工作的成本已经大幅下降。找到充足的人员，经过培训后将数据整理归类才是工程的关键问题。
韦默博士说，最初的测序工作已于今年3月开始。测序工作开始前不久，F.D.A.和加州大学的研究人员发现他们正在同时开展相似的工作，于是决定联手协作。
他说，“要想在公共卫生领域产生影响，就需要海量的信息，那样就能提高准确度和快速处理事务的能力。”
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发表于 2012-8-11 20:55:03
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